Биография 
Основание и ранние годы 
Брент Хайндс на Ruisrock 2007 
Группа была создана в 1999 году, когда барабанщик Брэн Дэйлор и гитарист Билл Келлихер переехали в Атланту из Рочестера штат NY и встретили басиста/вокалиста Троя Сэндерса и гитариста/вокалиста Брента Хайндса на концерте High on Fire. Они обнаружили, что имеют сходные музыкальные вкусы, любовь к sludge metal группам Melvins и Neurosis и хард-рокерам 70-х Thin Lizzy, и вскоре основали Mastodon. В интервью 2009 года Келлихер рассказал, что когда Хайндс впервые пришёл на репетицию группы, он «играл так отвратно, словно совсем не умел этого делать. Он просто играл одну ноту, наращивая громкость. Я и Брэн подумали, 'К черту этого парня.'» Тем не менее на следующий день Брент вернулся. «Он схватил одну из моих гитар и начал играть действительно круто. Я подумал 'Где был этот парень вчера?'». Также подобные комметнарии участников группы присутствуют на DVD "The Workhorse Chronicles" (2006 год).

Они записали демозапись в 2000 году, в записи которого участвовал первый ведущий вокалист группы Эрик Сэнер. Сэнер покинул группу по личным причинам всего через несколько месяцев. После записи четырехпесенной демозаписи на Reptilian Records, Mastodon заключили сделку с Relapse Records в 2001 году. В 2002 году они выпустили EP Lifesblood, а в 2003 году — первый полноценный альбом Remission, на котором присутствовали их первые синглы «March of the Fire Ants.» и «Crusher/Destroyer» (который также попал в саундтрек к игре Tony Hawk's Underground) На первых трех альбомах группы, последние треки посвящены Джозефу Меррику.

Leviathan 
Билл Келлихер на Sonisphere, 2009 
В 2004 году был издан второй альбом Leviathan, получивший отличные отзывы критики; он получил звание «Альбом года» от Kerrang!, и Terrorizer и 
получил второе место у Metal Hammer. Leviathan также получил третье место в номинации «Лучший альбом за последние 20 лет» от Metal Hammer. Leviathan концептуальный альбом, созданный по мотивам романа Моби Дик Германа Мелвилла. После выпуска Leviathan, группа отправилась в The Unholy Alliance tour в Европу с группами Slayer и Slipknot.

После Leviathan последовало два релиза: The Call of the Mastodon, заново сведённые первые девять песен группы, и DVD The Workhorse Chronicles, содержащий интервью участников группы и записи с концертов, включая ранние материалы с участием первого вокалиста. После записи Leviathan Mastodon расстались с Relapse records, и подписали контракт с Warner Brothers. Перед записью следующего альбома, группа записала кавер-версию инструментальной песни Metallica Orion, что вошла в выпущенный журналом Kerrang! сборник Master of Puppets: Remastered в честь 20-ой годовщины издания альбома Master of Puppets.

Blood Mountain 
Свой третий студийный альбом Blood Mountain группа выпустила 12 сентября 2006 года, и вслед за этим отправилась в тур в поддержку записи, выступая вместе с Tool в Европе и со Slayer в Австралии и Новой Зеландии. Лидер Queens of the Stone Age Джош Хомми записал вокал для песни «Colony of Birchmen», также его можно услышать на скрытом треке, где он признается что является большим фаном Mastodon, и в том что загрузил их новый альбом из Интернета. Перед изданием Blood Mountain, группа успела проехать по Северной Америке в составе Unholy Alliance tour. Песня «Colony of Birchmen» была номинирована на «Лучшее выступление в металле» на 49-ой церемонии Grammy, но проиграла песне «Eyes of the Insane» от Slayer. 1 ноября 2006 года группа выступила с этой песней на Вечернем шоу с Conan O’Brien на канале NBC, это было их первое телевизионное выступление, его наблюдали около 2.4 миллионов людей.

Первый сингл с Blood Mountain, «Capillarian Crest» вышел на 27 место в сотне 
лучших за 2006 год от журнала Rolling Stone. Сам альбом стал девятым в списке лучших записей за год  Также он получил первое место от Metal Hammer и пятое от Kerrang!.. About.com назвал Blood Mountain лучшим альбомом в металле за 2006 год. Запись была названа лучшим альбомом за 2006 год на 10-ой годовщине издания журнала Bizarre. Также Blood Mountain стал вторым в списке лучших альбомов за 2006 год от журнала Revolver. Gametap.com назвали Mastodon группой месяца в марте 2007 года.

Группа выступила с песней Colony of Birchmen на церемонии MTV Video Music Awards 2007 вместе с Джошем Хомми. После этого, Brent Hinds заявил о получении тяжелой травмы головы. Blabbermouth.net первоначально сообщил, что это стало результатом хулиганского нападения, но позже полиция пояснила, что пьяный Hinds начал драку с басистом группы System of a Down Шаво Одаджяном и с музыкантом William Hudson. Брент Хайндс получил травму головы, и сломал нос, впрочем он скоро полностью восстановился. 

Позже было заявлено, что Mastodon примут участие в Европейском турне Metallica в ходе их World Magnetic Tour.

Crack the Skye 
Четвёртый альбом Mastodon, Crack the Skye, был издан 24 марта 2009 года в стандартной и deluxe версиях (в deluxe кроме обычных песен присутствуют их инструментальные версии) и неделей позже занял 11 место в 200-ке Billboard. 
Продюсированием альбома занимался Brendan O'Brien, как и в Leviathan в записи Crack the Skye принял участие Scott Kelly из Neurosis в качестве приглашённого вокалиста на одноимённом треке. Барабанщик Brann Dailor записал вокальную партию в песне «Oblivion» для вступления и припева. В интервью для MusicRadar, гитарист Bill Kelliher пояснил, что темой альбома стали астральные путешествия, червоточины в пространстве, теории Стивена Хокинга и духовные сферы. Альбом следит за историей парализованного человека, чья душа изучает астральные планы, в своем путешествии она пролетает слишком близко к солнцу, сгорает пуповина связывающая ей с телом и она исчезает в «Забвении». В то же время в Царской России Распутин и его помощники вызывают духов и доставляют душу в свое время.