К августу 2001 года Mushroomhead оказались перед трудным выбором. Лейбл Eclipse Rec. в силу ограниченности своих возможностей не мог обеспечить группе достойного распространения её музыки. Mushroomhead не могли устроить турне, снять клип и просто развиваться дальше. Позже в интервью журналу «Rock Sound» Skinny признался, что в этот период группа была на грани распада: участники твёрдо решили, что к концу декабря 2001 года Mushroomhead или должен выйти на новый более высокий уровень или полностью прекратить своё существование. Группу спас звукозаписывающий гигант Universal Records, сделавший Mushroomhead предложение, от которого они не могли отказаться. Мэйджоры пообещали группе полмиллиона долларов на начальную раскрутку, съёмку клипа и контракт на 3 альбома. Это было то, что Mushroomhead честно заработали своим трудом за все эти годы, и Стив Фэлтон принял предложение, подписав контракт в сентябре 2001. Тут же на группу посыпались упрёки в продажности, на что участники всегда отвечали, что без поддержки Universal группа была бы обречена на распад. Альбом «XX» был переиздан на новом лейбле 4 декабря 2001 года. Все песни опять перемикшировали, а некоторые даже записали заново, включая «Fear Held Dear» и «Too Much Nothing», добавив ещё кавер на песню Pink Floyd. Обложку оставили прежней и на ней был изображен J.J. Righteous, который уже не был в составе, а Stitch на фото наоборот не было. Альбом дебютировал на 178 месте в Billboard Top 200 Albums Chart. Старому лейблу группы — Eclipse такое положение дел не понравилось, и они подали на группу в суд за несоблюдение условий контракта.
Первый видеоклип
13-14 октября 2001 года в Санта-Монике (Калифорния) прошли съёмки дебютного клипа группы на песню «Solitaire/Unraveling». Режиссёром стал Dean Karr, известный по работе с Marilyn Manson, Mudvayne, Iron Maiden, Slayer и др. До этого Jeff носил маску, но Dean придумал снять её для того, чтобы зритель видел мимику певца — то что он это поёт (если бы он был в маске, многие бы не поняли что в группе 2 вокалиста). А так как волосы у Jeff тогда ещё были и бриться налысо он не очень-то и хотел, то ему раскрасили только лицо и подстригли «под ёжика». Как говорил сам Джефф, из него сделали «человека-спичку».
Мировое турне 2002 год был для группы годом туров. Mushroomhead попали на Ozzfest 2002, впервые выехав за океан — в Европу. Они отыграли шоу в Великобритании, Ирландии, Нидерландах, Германии, Австрии, Италии, Франции, приобретя новых поклонников.
XIII В начале февраля 2003 года Mushroomhead засели за написание нового альбома. Работа над ним кипела вплоть до 11 марта. 32 дня без выходных, по 15 часов в сутки Mushroomhead работали над новым материалом. Продюсером как всегда выступил Steve, однако на 2 песнях («Sun Doesn’t Rise» и «Nowhere To Go») ему помогал Джонни К (Disturbed) из Чикаго. Когда всё было готово, Mushroomhead поехали в Лос-Анджелес, чтобы смикшировать написанные трэки с Matt Wallace (Faith No More, Deftones). 14 октября новое творение группы под названием «XIII» вышло в свет, сразу же заняв 40 место в Billboard Top 200 Albums Chart, 12 место в Billboard Alternative Albums Chart и 7 место в Billboard Hard Rock Albums Chart. Кроме того, на песне «Dream Is Over» поёт Дженс Кидмен из знаменитой группы Meshuggah. Дженс со товарищами подружился с Mushroomhead во время тура Ozzfest 2002, и поэтому охотно согласился поучаствовать в записи альбома.В том же году был снят второй видеоклип группы на песню «Sun Doesn’t Rise». Режиссером стал художник из Канады Vince Marcone, для которого эта работа над клипом стала дебютом в кинематографе.
Уход J Mann После релиза «XIII» последовал тур, который продолжался почти 2 года. И закончился уже с новым вокалистом. Летом 2004 года Mushroomhead расторгли контракт с Universal. Дело в том, что на лейбле произошли сокращения штата сотрудников и менеджера группы уволили. Новый менеджер не жаждал работать с Mushroomhead и им пришлось уйти. А после этого события, буквально через несколько недель, Jason заявил о своём уходе из группы. У него тяжело заболел отец John Anthony Popson, а у группы намечался долгий тур. Jason решил, что отец для него важнее и предложил, чтобы его заменил певец из группы 3 Quarters Dead по имени Waylon. Waylon жил в маленьком городке Уилкесборо в штате Северная Каролина, и когда ему позвонил Steve «Skinny» с предложением войти в состав Mushroomhead в качестве вокалиста, Waylon, по его словам, чуть не упал. По странному совпадению звонок был 19 сентября — в день рождения Вэйлона. 11 октября 2004 состоялось первое шоу с Waylon и фанаты стали привыкать к нему. Хотя часть фанатов всё же отвернулась от Mushroomhead, не желая видеть на месте J Mann никого другого.
История продолжается В конце 2004 года группа подписала контракт с лейблом Megaforce Records. 9 августа 2005 года вышел долгожданный DVD группы под названием «Volume 1». Помимо собрания всех клипов группы, он включает домашнее видео Mushroomhead — как они громят гостиничные номера, подшучивают над своими коллегами по сцене и друг над другом. Весной 2006 года из группы ушёл гитарист Marko «Bronson». На его место никого не стали брать, так как Gravy достаточно профессионален, чтобы играть всё в одиночку. В том же 2006 году в группе появился новый участник — Lil Dan (техник Skinny), который вместе со Stitch играет на перкуссии — так называемых «водных барабанах» («water drums»). 19 сентября 2006 года вышел в свет альбом «Savior Sorrow» с новым вокалистом Waylon. Тур в поддержку Savior Sorrow закончился в конце 2008 года. Также, стоит отметить, что J Mann и Roxy не совсем ушли из группы. Они выступают на ежегодных Old School шоу Mushroomhead (когда группа одевает старые костюмы и исполняет старые песни). А в 2008 году на Old School шоу появился и первый басист группы — Mr.Murdernickel.
В 2007 году Джейсон стал изредка выходить на сцену во время шоу Mushroomhead для исполнения песен вместе с Waylon и J Nothing. В осеннем туре 2008 года такие выходы стали более частыми. Объяснение этому дал сам Джейсон Попсон. 3 декабря 2008 года в очередном номере журнала «Scene» было опубликовано сенсационное интервью с J Mann, в котором он сообщил, что хочет вернуться в Mushroomhead. Skinny подтвердил, что Джейсон будет участвовать в записи очередного альбома группы, выход которого запланирован на зиму 2010 года. 28 октября 2008 года вышел второй DVD группы под названием «Volume 2», в который включены клипы, лайвы, а также закулисные съёмки.
Конфликт со Slipknot Из всех конфликтов группы, конфликт с Slipknot является самым значимым, жестоким и продолжительным. В 1997 году Кливлендская группа Mushroomhead пыталась наконец-то зарегистрироваться на каком-нибудь из лейблов. Среди претендентов был и Roadrunner Records. Mushroomhead выслали им свой промо-материал: фотографии, постеры, видеозаписи, альбомы. Менеджеры лейбла долго тянули с ответом. Но в 1998 году потребовали от группы новый материал, чтобы принять окончательное решение о контракте. В то время Mushroomhead только лишь приступили к записи очередного альбома. И как только сырой материал был готов (будущий альбом «M3») отправили его на Roadrunner Rec. Каково же было их удивление, когда от лейбла последовал ответ, что они уже больше не заинтересованы в них, так как контракт подписан с другой группой в масках (Slipknot).
Ещё больше кливлендские музыканты удивились, когда увидели кто угнал у них контракт. Slipknot носили такие же комбинезоны. Бас-гитарист Пол Грэй был в маске свиньи, так как же как и бас-гитарист Mushroomhead Джек Килкойн. Диджей Сид носил противогаз, так же как и ударник Mushroomhead Стив Фэлтон. А Джим Рут носил маску мазохистов из секс-шопа, так же как и танцор Mushroomhead Марко Вукчевич.
Mushroomhead отреагировали на эту ситуацию наиболее разумно, решив кардинально сменить имидж. Маскарадные костюмы были заменены на черные или серые военные камуфляжи, а маски на однотипные черные X-Face маски. А в отместку, на альбоме M3 была помещена песня Xeroxed (отксеренный)
Потом ещё в одной песне появился намёк на Slipknot. В альбоме XIII можно найти такую строку в песне «Our Own Way»' (Наш собственный путь) — Презираемые имитаторы занимались плагиатом, но диктаторские притязания ложны. Конфликта между группами, как такового, поначалу не было. Всё было затеяно фанатами. Однако нужно всё же пояснить что не просто так. Шон Крэхан в одном из интервью сказал, что Mushroomhead отстойная группа. Это и послужило толчком к развитию конфликта. И в следующий раз, когда Slipknot приехали в Кливленд (родной город Mushroomhead) с концертом им оказали «теплый» приём. Кто-то из зрителей швырнул на сцену 9-вольтовую батарейку, которая угодила в лоб Полу Грэю. А аудитория начала скандировать «Mushroomhead!» Кори Тейлор, Мик Томсон и один из техников спустились со сцены и устроили драку (за которую Мик и техник угодили потом в обезьянник). В последовавшем интервью Кори прокомментировал эту ситуацию, сказав, что всё подстроено самими же Mushroomhead. Хотя фронтментMushroomhead Джейсон Попсон лично написал письма с извинениями каждому из Slipknot, при том, что Mushroomhead даже не знали о готовящейся выходке своих фанатов Однако извинения не были приняты и Кори пригрозил, что набьёт морды всем в Mushroomhead. Так и завязалась словесная перепалка двух групп, которую можно проследить в журналах того времени. Шон Крэхан не упускал возможности обозвать Mushroomhead отстоем, на что продюсер Mushroomhead Стив отвечал всегда одной фразой — «приезжайте к нам в Кливеленд — разберёмся кто есть кто». Но Slipknot игнорировали эти предложения. Потепления произошли в начале 2002 года, когда Кори прислал на автоответчик Стиву (продюсер Mushroomhead) сообщение, в котором сказал, что больше не держит на них зла и желает им успехов. С тех пор отношения немного наладились, Mushroomhead и Slipknot прекратили обзывать друг друга в прессе нехорошими словами и обмениваться угрозами. Но личная встреча затягивалась. Mushroomhead лично встретились со Slipknot только лишь в начале 2005 года в Кливлендском баре. О чём был у них разговор неизвестно, но после этого последовали новые поливания грязью друг друга.
